Nació en la provincia de Huari-Ancash donde cursó sus estudios primarios y secundarios. Posteriormente, cursó sus estudios universitarios de pre-grado, en la Universidad Nacional Mayor de San Marcos (1999-2004). En agosto de 2005 postula a una de las vacantes para realizar sus estudios de Maestría (Master of Science), en Rio de Janeiro, Brasil; en el prestigioso Centro Brasileiro de Pesquisas Físicas (CBPF), obteniendo una de pocas vacantes ofrecidas para extranjeros.

Después de concluir con éxito sus estudios obtiene el grado de M.Sc. en 2007. El mismo año, postula nuevamente, en el mismo centro, esta vez para realizar sus estudios doctorales, obteniendo una de las vacantes con bolsa de estudio, en cual está finalizando este año, en breve estará sustentando su tesis de doctorado para obtener el grado de Doctor in Science (Ph.D.).

En los últimos años de doctorado William Trujillo Herrera realiza sus investigaciones en temas de frontera de la ciencia así como la materia condensada en el límite cuántico, sistemas nano-estructurados, superconductividad en filmes finos y nanopartículas de óxidos de hierro para aplicaciones biomédicas, fármacos, remediación ambiental y catálisis. Como producto de tales investigaciones hasta la fecha cuenta con 7 publicaciones en revistas indexadas de Estados Unidos y Europa, tales como Physical Review B, The European Physical Journal B - Condensed Matter and Complex Systems, Journal of Materials Science, Catalysis Science & Technology e Hyperfine Interactions. Además cuenta con más de 30 trabajos presentados en congresos internacionales.

El 2009 fue galardonado con el premio al mejor trabajo, premio al científico joven, otorgado en el "II International Conference of Spectroscopy 2009", por el SPIE (Connecting Minds Advancing light, Student Services Awards). Ha participado como investigador colaborador en numerosos proyectos de investigación multinacional, por lo que frecuentemente viaja a centros y laboratorios de investigación de USA, Canadá y Europa. Así como los laboratorios: Canada's National Laboratory for Particle and Nuclear Physics en Canadá y Paul Scherrer Institut Laboratory for Muon Spin Spectroscopy (LMU), Suiza.